feat(repo): 全部模块 service 改用 repository（Repository 全面落地）

- 24 个模块 service 从直接 db.query 改为使用各自 repository（get_by_id/filter/create/update）
- 4 个 agent 并行分组转换：system 组、dictionary/configuration/member/region、cms/link/notice、job/log
- 保留合法 db 用法：跨模型查询（user→dept/level/position、ad→adsort、adsort→item/itemcate）、投影查询（role/menu）、按条件删除（set_permission/save_role_menu/add_user_role）、独立会话（record_job_log/record_operation_log）、db.commit（pause/resume）
- 修复 JobLogRepository 软删列 del_flag；修复 ad/notice create 重复传参 bug
- 修复 base_repository.get_by_id/get_by_ids 兼容字符串 ID
- 实测：27 个读接口 + dept/notice/member/level 写操作全通过

Co-Authored-By: Claude <noreply@anthropic.com>

modules/job/repository.py

@@ -9,6 +9,22 @@ class JobRepository(BaseRepository[Job]):
 job_repo = JobRepository(Job)
 
 class JobLogRepository(BaseRepository[JobLog]):
-    pass
+    # JobLog 使用 del_flag 而非 is_delete 作为软删标识
+    soft_delete_col = "del_flag"
+
+    def get_by_id(self, obj_id):
+        """覆盖：按 del_flag 过滤。"""
+        if obj_id is None or obj_id == '':
+            return None
+        try:
+            obj_id = int(obj_id)
+        except (TypeError, ValueError):
+            return None
+        if obj_id <= 0:
+            return None
+        return self.db.query(self.model).filter(
+            self.model.id == obj_id, getattr(self.model, self.soft_delete_col) == 0
+        ).first()
+
 
 joblog_repo = JobLogRepository(JobLog)